学系依托“劳动卫生与环境卫生学”国家重点学科、“现代毒理学”教育部重点实验室以及南京医科大学卫生分析检测中心，逐步确立了五个研究方向：环境-基因交互作用与肿瘤发生发展、职业/环境危害因素毒作用机制与生物学标志、环境化学物的生物转化与慢性危害、空气污染与健康、职业病危害与控制。“十一五”以来,先后承担国家973课题、国家自然科学基金重点项目和面上项目等国家级和省部级研究项目20余项,总经费达1000余万元；发表SCI论文60余篇，申请/获得国家发明专利5项,获中华医学科技奖和江苏省科技进步一、二、三等奖共 7项。培养博士生20余名，硕士生60余名，获江苏省优秀博士论文2篇、硕士论文2篇。