南京医科大学卫生分析检测中心于1991年由南京医学院正式批准成立。2001年中心由省政府授牌“江苏省医药农药兽药安全性评价与研究中心”，是江苏省科技厅设立的公共技术服务平台。目前是农业部认定的农药登记毒理学试验资质单位，是国家食品药品监督管理总局批准的保健食品注册检验机构及药品非临床研究资质单位，是国家卫计委质量考核合格的化学品毒性鉴定机构，是国家环保部推荐的新化学物质测试机构。
中心内部设置行政部、业务部、条件保障部、质量保证部四个管理部门和毒理部、功能药理部、理化微生物部、病理临检部四个检测部门。中心的最高管理层由中心主任、常务副主任、副主任、技术负责人和质量负责人组成。具有首席科学家和技术顾问若干名。
本中心现有固定专职员工51人，其中具有高级技术职称人员7人，具有中级技术职称人员20人，中级技术职称以上人员占比53%。中心于2015年搬迁到南京医科大学江宁新校区内，实验室建筑面积6000 m2，其中SPF级屏障系统动物房1500m2，普通级动物房1070m2，大动物房1000m2，配备了与目前检测能力相适应的仪器设备。
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