南京医科大学是全国最早开办公共卫生与预防医学教育的院校之一，发起成立了中国预防医学研究所。学校1940年设置公共卫生教研室，1953年起招收公共卫生专业本科生，1988年设立预防医学系，1995年预防医学系更名为公共卫生学院。公共卫生与预防医学学科蝉联A+等级，连续5年位列“软科中国最好学科”第一名，2022年入选国家“双一流”建设学科名单，也是国家高水平公共卫生学院建设单位。
拥有“公共卫生与预防医学”一级学科博士学位授权点、公共卫生专业硕士(MPH)学位授权点和博士后科研流动站。获批预防医学国家级实验教学示范中心、国家级一流专业建设点和高层次应用型公共卫生人才创新培养项目。药理学与毒理学学科进入ESI全球排名前0.5‰。建有生殖医学与子代健康全国重点实验室、国家医学攻关产教融合疫苗研发创新平台、环境与人类健康国际联合研究中心、现代毒理学教育部重点实验室、部省共建肿瘤个体化医学协同创新中心、江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室等高层次研究创新平台。
探索实践形成的“医防融合、理实贯通、学研一体的复合型公共卫生人才培养体系创新与实践”荣获高等教育（本科）国家级教学成果一等奖。科学研究聚焦“疾病防控、人口健康、环境健康、全球健康”四大重点领域，其中重大慢性病和生殖健康两大主题的研究成果先后获得国家自然科学奖二等奖和国家科技进步奖二等奖。近五年来，获批纵向科研项目近300项，经费近3亿元。
现有教职员工260人，其中教授/研究员43人，副教授/副研究员53人；博士生导师42人，硕士生导师45人。拥有中国工程院、中国科学院院士2人（含工作站），享受国务院政府特殊津贴6人，国家级教学名师2人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”2人，国家杰出青年科学基金获得者6人，国家优秀青年科学基金获得者8人，科技部“中青年科技创新领军人才”1人，其他国家 级高层次人才22人次。拥有国家级教学团队、全国高校黄大年式教师团队、基金委创新研究群体、教育部课程思政教学团队、江苏省高校优秀科技创新团队等20个国家级/部省级优秀教师团队。
广泛开展国际合作与学术交流，与美国、英国、加拿大、澳大利亚、瑞典以及巴基斯坦等“一带一路”沿线国家和地区的知名高校、科研院所建立了双边合作关系。发起成立“国际医学教育联盟”，推动国际公共卫生人才培养模式创新。依托环境与人类健康国际联合研究中心和南京医科大学全球健康中心，牵头成立“亚洲砷与健康研究联盟”、“一带一路”健康促进联盟，在巴基斯坦、尼泊尔等国建立国际联合研究中心海外基地和全球健康分中心。
立足国内、放眼国际，服务国家战略，始终心怀“国之大者”。坚持聚焦培养创新拔尖人才、打造一流高水平师资队伍、引领学科平台资源建设、提升新成果转化与服务、助力“健康丝路发展、解决中国公共卫生难题，努力建成“中国特色、世界一流”的公共卫生与预防医学学科，推动我国公共卫生体系改革和全球卫生治理，国际影响力持续提升。