南京医科大学在1934年江苏省立医政学院创立之初，即开始了与其时医学教育科研相适应的实验动物工作，1957年学校由镇江迁址南京更名为南京医学院并正式成立了“动物供应科”，1986年12月，扩建为“南京医学院实验动物中心”，全面开展动物繁殖、饲养、生化、病理、药理毒理等综合性实验动物和动物实验服务。1988年5月，江苏省科委、卫生厅、教委联合发文“苏科条(88)152号”，决定在南京医学院设置“江苏省实验动物中心”。1991年增名“南京医学院医药动物实验中心”、“南京医学院动物生化研究中心”。1993年随着学校更名为“南京医科大学实验动物中心”。

 2008年4月经江苏省政府批准立项，江苏省科技厅在南京医科大学江宁校区资助建设省重点科研服务平台——“江苏省医药动物实验基地”。历经五年建设，建筑面积2.6万平方米，总投资2.8亿元，江苏省医药动物实验基地于2014年11月相继投入使用，面向校内外科研工作者提供SPF级大小鼠供应、各类实验动物饲养、模式动物构建和表型分析、本科生与研究生专业教学、实验动物从业人员和实验人员培训等。2015年7月更名为“南京医科大学医药实验动物中心”，明确为正处级建制的学校直属单位。

 中心设有二个管理部门和四个业务部门（办公室、质量保障部、生产部、饲养部、项目技术部、培训部），建有实验动物学教研室、医药模式动物校级重点实验室、转基因研究平台、表型分析平台、分子影像平台，同时也是生殖医学国家重点实验室的重要组成部分。中心主体位于南京市江宁大学城南京医科大学新校区，但仍保留位于鼓楼区汉中路峨嵋岭原址分部，主要服务于各邻近附属医院的科研工作。中心现有在编教职工27人，其中博士7人，硕士14人， 还有各类聘用实验技术人员、保种员、饲养员、设施维保人员约80人。中心目前具备大小鼠繁殖供应年产能50万只，大小鼠实验饲养能力1.6万笼位，兔犬猴等大动物实验饲养能力200余笼位，已经发展为医学院校最大规模的实验动物繁殖供应、饲养、模型构建、表型分析和教学培训、科学研究一体化的现代医药实验动物与动物实验基地，不仅有力地保障了学校各类医学科学研究与医学教学的需要，而且积极辐射服务于在宁各相关高校科研院所与企业，广泛开展国内外合作，致力于不断提升和充分发挥实验动物学科在医学人才培养、生命科学与医药研究中的重要支撑作用。

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