2005年8月，江苏省政府和教育部批准南京医科大学立项建设江苏省部共建教育部现代毒理学重点实验室，在“江苏省应用毒理重点实验室”（1996）、“江苏省医药农药兽药安全性评价与研究（GLP）中心”（2001）的基础上，经过近三年的建设，圆满完成了预期目标，2008 年2 月教育部正式批准（教育部教技函〔2008〕13 号）现代毒理学教育部重点实验室（南京医科大学）（简称“重点实验室”）开放运行。在2016年度重点实验室评估中，顺利通过教育部评估，被评为良好。
重点实验室所在学科“公共卫生与预防医学”被评为一级学科博士学位授权单位（2005），并入选国家级人才培养模式创新实验区（2007）、2018 年入选江苏省优势学科三期建设单位。预防医学专业被认定为国家级特色专业（2007）、江苏省品牌专业A类建设单位（2015）；《卫生毒理学》课程分别被遴选为国家精品课程（2005）和国家精品资源共享课程（2016）；卫生毒理学学科被批准为江苏省“十一五”重点学科（2006）；劳动卫生与环境卫生学被认定为国家重点学科（2007）；重点实验室的科技服务平台“江苏省医药农药兽药安全性评价与研究（GLP）中心”（简称“安评中心”）具有中国计量认证（CMA）第三方检测评价资质（2006）；重点实验室主要成员荣获国家级优秀教学团队（2008）、国家自然科学基金创新群体项目（2015）、江苏省高等学校优秀科技创新团队（2013，2016，2019）、江苏省高校“青蓝工程”科技创新团队（2010，2014）；作为第一完成人单位荣获国家自然科学奖二等奖（2018）；国家科学技术进步奖二等奖（2015）；教育部高校科学研究优秀成果（自然科学奖）一等奖（2014）；江苏省科学技术奖一等奖（2013，2016，2018）；荣获国家级教学成果奖二等奖（2014）；重点实验室组建的实验教学示范中心被评为首批国家级预防医学实验教学示范中心（2009），支撑的“公共卫生与预防医学”博士后科研流动站被全国博士后管理委员会综合评估成绩优异（2015）；荣获科技部颁发的“科研机构和大学向社会开放”荣誉证书（2015）；卫生毒理学系荣获江苏省总工会颁发的“工人先锋号”荣誉称号（2015）、职业医学与环境卫生学系荣获江苏省教育工作先进集体（2016）。
重点实验室目前固定人员60人，流动人员16人，共计76人。流动人员中博士后12人，访问学者4人。固定人员中有院士1人、教授26人、副教授15人、讲师8人、高级实验师3人、实验师6人和助理实验室1人；所有固定人员拥有研究生学历，博士和硕士学位人员分别为47人和12人；有49人分别在美国、英国、加拿大、瑞典、日本、新加坡、香港等国家或地区进修学习过。拥有中国工程院院士1人，国家级教学名师1人，“长江学者奖励计划”特岗学者1人、特聘教授3人、青年学者2人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人、国家重大人才工程青年项目入选者1人，国家杰出青年科学基金获得者2人、国家优秀青年科学基金获得者4人，教育部创新团队学术骨干6人，以及江苏省杰出人才多人。3人连续三年入选中国高被引学者榜单（Elsevier发布）。此外，担任中国毒理学会荣誉理事长1人、副理事长1人、专业委员会委员以上30人次，江苏省毒理学会理事长1人、副理事长1人、理事12人，专业委员会主任委员和副主任委员16人次。2020年实验室新增多项重大研究课题和多篇高水平研究论文；所在的药理学与毒理学学科ESI排名比2019年前进了37位，已达到前122位（前1.26‰）；在毒理学成果转化运用等方面取得显著成绩。
重点实验室始终坚持“基础研究与应用研究相结合”的原则，为顺应当前国内外毒理学发展的最新趋势及我国经济社会的发展需求，从以下4个研究方向展开工作：“环境与人类生殖健康”、“环境与肿瘤发生发展”、“毒理学新机制与新方法”和“安全性评价与风险评估”。
实验室负责人员：
实验室主任：张正东教授
实验室副主任：刘起展教授
王守林教授
施爱民副教授
实验室秘书：储海燕副教授
实验室第二届学术委员会成员：
名誉主任委员：欧阳平凯院士（南京工业大学）
主任委员：江桂斌院士（中国科学院生态环境研究中心）
副主任委员：金 力 院士（复旦大学）
赵宇亮 院士（中国科学院高能物理研究所）
周平坤 教授（军事科学院军事医学研究院）
委员： 曹 佳 教授 (陆军军医大学)
邬堂春 教授 (华中科技大学)
孙长颢 教授 (哈尔滨医科大学)
孙志伟教授(首都医科大学)
郝卫东教授(北京大学)
屈卫东教授(复旦大学)
陈雯教授 (中山大学)
王心如教授(南京医科大学)
张正东教授(南京医科大学)
